אחת הבקורות הקשות כלפי הרב קוק היתה ביחס להשתתפותו בהנחת אבן הפינה לאוניברסיטה העברית בהר הצופים בירושלים. הרב יצחק הוטנר, מגדולי ראשי הישיבות ותנועת המוסר בארה”ב, הגדיר פעם שלולי היכרותו עם הרב קוק הוא היה חסר 50% מהווייתו הרוחנית. יחד עם זאת, היה לו ויכוח נוקב עם הרב בענין הנ”ל.
כתנאי להשתתפותו בטקס, הובטח לרב קוק שלא תכנס לאוניברסיטה “בקורת המקרא”, כפי שרמז בנאומו החגיגי והבקורתי. הרב הוטנר מספר שהוא ישב פעם אצל הרב, כשהגיע תלמיד מהאוניברסיטה וסיפר על תוכן הרצאה בתנ”ך שזה עתה ניתנה שם, שהיה כולו בקורת המקרא. הרב הביע אכזבה גדולה על הטעייתו.
תחרות סמויה היתה לגבי המוסד הלימודי העליון שיוקם בארץ ישראל המתחדשת וישפיע עליה. הרב קוק חלם על ישיבה מרכזית עולמית בירושלים. ראשי הציונות חשבו על אוניברסיטה עברית בירושלים. מייסד “הדף היומי” הרב מאיר שפירא מלובלין אמר בערוב ימיו שטעה כשמסר את נפשו להקים את הישיבה הגדולה בלובלין במקום בארץ ישראל, שתהווה מגדלור לארץ המתחדשת. המוטיבציה של הרב קוק לצאת לארה”ב למסע גיוס כספים לישיבות (יחד עם ה”דבר אברהם”, רבה של קובנה, ועם רמ”מ אפשטיין, ראש ישיבת חברון), הושפעה גם מהבקורת הבאה שהושמעה כלפיו: פרופ’ אלברט איינשטיין הוציא קול קורא שמכוחו נאספו עבור האוניברסיטה 17 מיליון דולר מרחבי העולם היהודי, בעוד שעבור התכנית של הרב, הישיבה המרכזית העולמית, נאספו בקושי חצי מיליון. וכי לא תהא כוהנת כפונדקית? נסיעתם התרחשה באותה שנה של הנחת אבן הפינה לאוניברסיטה.
למרות זאת, לפעמים אני עובר באוניברסיטה בדיוק במקום שבו נשא הרב קוק את חזונו-תפילתו, ומהרהר: בלי להתייחס למסגרת הלימודים הרשמית ולמחקר התורני הרב שבאוניברסיטה, על היתרונות והחסרונות, ובלי להתייחס להיבט הציוני אלא רק להיבט הדתי, הרי באוניברסיטה בהר הצופים פועלים היום כמה ארגונים מגוונים של הפצת תורה ויהדות על בסיס יומי. קיימים 3 בתי כנסת עם מנייני תפילה, דף יומי ושיעורי תורה, בניצוחו של ר’ אריה סלומון, מטעם האוניברסיטה. ספריות ענק לעיון תורני ומשפט עברי, חברותות, פעילויות תורניות ושבתות לסטודנטים. כאורח המתבונן מהצד עם ‘מדד אובייקטיבי’, אני זוכה לערוך באוניברסיטה מספר אירועים תורניים קבועים בשנה, ושם לב שבכל פעם מצטרפים יותר ויותר סטודנטים, לאו דווקא כאלה שגדלו בבתים עם מסורת. מרבי עקיבא על הר הצופים למדנו עד כמה חזון גדול מצריך אורך רוח…מי יתן.