ההתעוררות לקראת הקמת ישיבה תפסה תאוצה. ימים של מאורעות דמים בארץ ומתח של ערב מלחמה עולמית (חורף תרצ"ט) לא ערערו את רוח החברים בסמינריון המדריכים השני של בני עקיבא. מרחוק ומקרוב באו לכפר הרואה נציגי סניפים ותיקים וצעירים ודנו בכובד ראש ברעיון האתגרי.
אבא, "נריה" בפי החבר'ה, פתח את סדר היום בלימוד מספר 'חובות הלבבות'. הוא שמח באווירה המרוממת המלווה בשירה וריקודים. "'אשריך ישראל' אמר משה רבינו", כתב ביומנו, "'אשריכם ישראל' אמר רבי עקיבא. 'אשרינו מה טוב חלקנו', יאמר נא ישראל'". בלילה היה ריקוד נלהב. אחרי שעתיים עמד אבא באמצע המעגל ואותת לחברים להפסיק לרקוד. ברגש דיבר על עולם הניגון והדממה. דקות אחדות ישבו החברים מרוכזים, ואחר כך התחדש הריקוד בעוצמה רבה יותר ונמשך שעות ארוכות.

בסיום הסמינריון החליטו להקים חוג 'לקראת ישיבה' בירושלים, ובעקבותיו גם בפתח תקווה ובחיפה. לא ייאמן! חבר'ה שלא התעניינו כלל בלימודי קודש בבית הספר החליטו מרצונם לקום בשעת בוקר מוקדמת (לפני הלימודים!) לתפילה וללימוד תנ"ך והלכה. 
יצחק לב, ממייסדי החוג הירושלמי, היה צעיר חילוני שהתקבל לבית הספר החקלאי כדורי. לפני תחילת הלימודים תפס הצבא הבריטי את מבני בית הספר, ומחוסר ברירה נרשם יצחק ללמוד בסמינר מזרחי בירושלים. בהשפעת חבריו הצטרף לבני עקיבא (לימים היה עורך 'זרעים'), וכך כתב: "ידענו שעלינו להתחזק מהבחינה הדתית. 

הורינו לא ידעו כלל על מחשבותינו ועל הכוונה לעזוב את הבית וללמוד במקום בלתי ידוע. הרב נריה עודד אותנו ונחשב ל'חוט המקשר'. יכולנו לסמוך על דעתו'". 
בקיץ קיימו חברי החוגים מחנה עבודה בכפר הרואה. אבא עקב אחר הנעשה בו, אך היה עסוק בהכנות לקראת נסיעתו כנציג בני עקיבא לוועידה העולמית של המזרחי וכציר לקונגרס הציוני ה21 בג'נבה. בדרך לנמל חיפה ביקר את החברים במחנה והבטיח להשתדל להשיג סיוע להקמת הישיבה.

האכזבה הייתה רבה. חברי התנועה בוועידה התייחסו לעניין הישיבה באי-אמון, סבורים שזה חלום נעורים של צעירים מתלהבים. גם הקונגרס הציוני לא היה סיפור הצלחה גדול. גרמניה הנאצית חתמה הסכם עם רוסיה, והקונגרס נפסק בבהלה גדולה. כל אחד ממשתתפיו מיהר לשוב לארצו, ובקושי רב השיג אבא אנייה רעועה שהפליגה לארץ. 
המצב באירופה השפיע על האווירה בארץ, וחברי החוגים חששו שייאלצו לגנוז את רעיון הישיבה. אבא לא נתן לייאוש לכרסם ונהג לומר: "עלינו להסיח את הדעת מהכול, לקום בכל בוקר ולומר: הנני מוכן ומזומן להקים את ישיבת בני עקיבא". 
באסרו חג סוכות ישב אבא עם ידידיו בנימין שחור וצבי קפלן בדירה ירושלמית לתכנן את סדרי הלימוד בישיבה. הם גם דנו אם תונהג דיקטטורה או דמוקרטיה, ואבא פסק בהחלטיות: "דמוקרטיה! הצעירים שלנו הם חניכי תנועת נוער. אם לא ירגישו שהמפעל שלהם, אין מצב שנצליח". הפגישה הסתיימה בהכרזה חגיגית: "ובכן, אנחנו מייסדים את הישיבה". 
העיר על כך יצחק לב: "לרב נריה הייתה אמונה גדולה. לקבל עליו אחריות כזאת בתקופת מלחמה עולמית – לזה נדרשת אמונה חזקה מאוד". משם ניגש אבא לרב מימון, חבר הנהלת הסוכנות היהודית, לבקש תמיכה כספית. הרב מימון לא נענה בשמחה אולם לא סירב, והוציא מכיסו שלוש לירות (לחם ומרגרינה לשבועיים). "גם זו לטובה", אמר אבא. "נחפש דרכים להתקיים. מי שמוכן לחיות על תה, לחם ותפוזים כדי ללמוד תורה, יחזיק מעמד". 
ואכן, דבר לא עמד בדרכם. ביום שני י' במרחשוון ת"ש הקימו י"ג נערים בני מצווה ואבא איתם את ישיבת בני עקיבא בכפר הרואה!