המונח אנטישמיות מתבסס – אם כי בשינוי משמעות, כפי שיוסבר בהמשך – על מושג מתחום הבלשנות (חקר השפות), מדע שהתפתח במאה ה-18. בשנת 1781 המציא הבלשן הגרמני אוגוסט לודוויג פון שלצר את המונח "שפות שמיות" כדי לאפיין בו משפחה של שפות בעלות מאפיינים דומים: ערבית, עברית, ארמית ועוד כמה שפות עתיקות מאזורנו. בחיפושיו אחר שם מתאים למשפחת שפות זו נזקק שלצר לדמותו המקראית של שם בן נוח, שדוברי שפות אלו תוארו בתנ"ך כצאצאיו. בהמשך הורחב המושג והוחל גם על "עמים שמיים" (העמים דוברי השפות הנ"ל). גם היהודים וגם הערבים נכללו בקבוצה זו.
כאשר התפתחה במאה ה-19 תורת הגזע באירופה (בעיקר בצרפת ובגרמניה) טענו אויבי היהודים שהיהודים הם גזע נחות ומרושע המבקש להשתלט על אירופה. הם הדגישו ששנאתם כלפי היהודים איננה נובעת מהתנגדותם לדת היהודית בלבד אלא מבוססת על ההשקפה שאין זה אלא מטענם הגנטי (כך היינו קוראים לזה היום) שאחראי לאופיים המזיק של היהודים. ומטען גנטי – בלשונם גזע – אי אפשר לשנות, בוודאי שלא על ידי הטבלה לנצרות.
תפיסה זו, שהייתה תפיסה חדשה – בימי הביניים למשל כפו על היהודים להתנצר – נזקקה לשם חדש, ומכאן המונח "אנטישמיות". מונח זה (במקור הגרמני Antisemitismus) הופיע לראשונה בשנת 1879 בעיתון גרמני במאמר המבשר על הקמתו של ארגון חדש בגרמניה: ליגת האנטישמים. ליגה זו ייסד באותה שנה הגרמני וילהלם מאר, שביקש לפעול נגד מה שהוא ראה בו ניסיון השתלטות של היהודים על גרמניה. השם החדש נועד לשקף את התפיסה החדשה ולהצדיק את שנאת היהודים עתיקת היומין גם כלפי יהודים מתבוללים ואפילו כלפי מי שהתנצר.
מובן אפוא – וכאן שינוי המשמעות שהוזכר לעיל – שהמונח אנטישמיות יועד מתחילתו אך ורק כלפי היהודים, ולא כלל בשום שלב את הערבים. האגודה של מאר אומנם נחלה כישלון חרוץ, אך נתנה השראה למקימי אגודות דומות בגרמניה ובצרפת, וגם שם נוסדה, כעשר שנים אחר כך, הליגה הלאומית האנטישמית (שהייתה פעילה מאוד במשפט דרייפוס). כאידאולוגיה מגובשת ורצחנית הגיעה האנטישמיות לשיאה ביישומה המעשי על ידי הצורר הידוע יימח שמו בשואה.
למרות החידוש לכאורה שבשנאת היהודים כגזע (לעומת שנאת היהודים מסיבות דתיות, בפרט בגלל שצלבו את ישו) יצוין שהבחנה ברורה בין סוגי שנאה כלפי העם היהודי קיימת רק על הנייר. למשל, למרות אופייה הדתי של שנאת היהודים בימי הביניים באה לידי ביטוי שנאת ה'גזע' היהודי כבר כלפי אנוסי ספרד. פקודת הגירוש של היהודים מספרד גררה תופעה של התנצרות אמיתית או מדומה (אנוסים). במאות השנים שלאחר מכן נדרשו ספרדים שביקשו להתקדם בהייררכייה הכנסייתית או החברתית להוכיח את טוהר הדם (limpieza de sangre) שלהם, כלומר את היותם ממוצא ספרדי טהור ולא ממוצא יהודי.
בשל אופייה התאורטי של ההבחנה בין סוגי השנאה כלפי היהודים אפשר לומר ששנאה זו לובשת צורה ופושטת צורה. היא מכוננת בקרב עמים רבים, לפעמים פורצת החוצה בתואנה זו או אחרת ולפעמים נסתרת בחדרי הלב. כך יהיה כנראה עד לביאת הגואל.
